【岛屿之王】
岛屿之王哈拉、默丹和岛屿女王丽姿继续保护岛屿的安全,教导新人训练家。库库伊邀请三位岛屿之王担任宝可梦联盟的四天王,默丹不喜闹,懒得在众人面前表演,因此拒绝了库库伊;哈拉和丽姿分别成为了新联盟的格斗系和岩石系天王。哈拉退休后,他四天王的职责被睿因代替。
阿玛茉和达尔斯格相去甚远,然而一起冒险和工作的经历让两人发现了彼此的重要。他们最终结婚生。阿玛茉怀念阿罗拉的自然风光和宝可梦,和达尔斯乘坐奈雅拉返回阿罗拉,在此定居。两人在以太基金会工作,研究和调查未知的究极异兽。
究极大都会重新获得了光明,阿玛茉和达尔斯在领导人西奧尼拉的指挥,与索尔迦雷欧和奈雅拉一同参与重建。新城市中没有塔,建筑摒弃了黑的外墙和棱角分明的风格。居民们为光辉大神召开了追思会,歌颂光明,反思历史,谢神的原谅。
为了不打破芭特对皇家蒙面人的好幻想,他小心翼翼地隐藏自己的甲。但某次与岛屿之王聚餐时,库库伊不慎喝醉,回到家后整理衣柜时,他将皇家蒙面人的面扔了全家共用的脏衣袋。芭特这才发现男神和丈夫是同一人。她的幻想非但没有破碎,反而成了真。
她发现自己的兴趣并不在对战,她不喜宝可梦受伤;她的兴趣在为宝可梦治疗,她想要成为乔伊小那样能治愈宝可梦创伤的人。
大会之后,就在她准备回家时,许久不见的小星云突然现。久别重逢,莉莉艾与它对战后收服了它。她带着小星云等宝可梦在各个地区冒险。她们见到了许多未曾见过的宝可梦。几年后她回到以太基金会工作,职业是宝可梦治疗师。
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【库库伊和芭特】
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很快芭特怀,生一位相酷似库库伊的男孩。男孩被取名为“雷伊”,意思是“阿罗拉的环”,也有“亲”之意。
为了变,她的哥哥格拉吉欧在大战后登上了驶往关都地区的豪华游——圣特安努号。他挑战关都地区的大训练家,从切磋中学习对战技巧。他的气质在一次次惊险的对决中发生了改变,唯一不变的是他的发型。他最终回到阿罗拉,从母亲手中继承了基金会。
联盟落成,库库伊发表了讲话,并以选手份参加第一届大会,毫无悬念地取得了冠军。之后的两年,他以冠军的份挑战参赛者。第一年,小智与莎莉娜别后来阿罗拉冒险,在联盟大会中战胜了库库伊。第二年,库库伊输给了阿罗拉的新人训练家月。他将冠军的职务给了月,回了宝可梦博士。
【究极大都会】